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L’offensive allemande de mai-juin 1940 entraîne rapidement la défaite de l’armée française. Le destin des milliers de Basques incorporés à l’armée sera similaire au reste des Français : arrestation et emprisonnement dans les camps en Allemagne, travaux forcés et , uniquement dans quelques cas, fugue et retour au pays, après avoir vécu bien souvent des aventures périlleuses.

Pour la plupart de la population d’Iparralde, la guerre sera avant tout source de souffrance pour la famille et les amis des prisonniers en Allemagne. Parmi es 13.500 recensés issus de l’ensemble du Département des Bas Pyrénées, environ 5.000 proviennent d’Iparralde. Il n’y eut pas de combats au Pays Basque, car le front se trouvait assez éloigné, mais Iparralde fut occupé, en vertu des clauses de l’Armistice, signée le 22 juin 1940 et selon lesquelles le territoire de l’État français était divisé en deux par une ligne de démarcation qui constituait une vraie frontière : d’une part, la « zone occupée », sous l’autorité directe des troupes d’occupation et, d’autre part, la zone non-occupée, dénommée également « zone libre », sous l’autorité du Gouvernement collaborationniste de Pétain.

Le Pays Basque continental est également divisé par cette ligne, qui sera soigneusement surveillée par les Nazis et qui, au départ d’ Arnegi, en passant par Donibane Garazi, arrivait jusqu’à Donapaleu pour déboucher à Salies de Béarn.

Le 27 juin 1940 les premières unités motorisées allemandes arrivent à Bayonne. En quelques jours, elles se déploient sur tout le littoral et à l’intérieur de la région. Mises à part les troupes de la douane, chargées de surveiller la frontière, et la police - la Gestapo principalement –, les troupes nazis stationnées à Iparralde se trouvaient toujours en période de repos, éloignées du front ou en cours de réorganisation. Elles ne restaient jamais trop longtemps dans le Pays.

La traversée de la frontière entre les deux États, dont l’un se déclara neutre (l’Espagne), devient ainsi l’une des activités les plus importantes du mouvement de la Résistance au nazisme en Iparralde.

Le 27 mars 1944, l’aviation américaine, avec ses avions "Liberator", bombarde Biarritz et Anglet, avec comme objectifs l’aéroport de Parme et la gare du chemin de fer. Cependant, la plupart des victimes sont des civils : 90 morts à Biarritz et 41 à Anglet. Il s’agit de l’évènement le plus dramatique de toute la guerre en Iparralde.

En 1943, les mouvements intérieurs et extérieurs de la Résistance décident de se fusionner, pour une plus grande coordination et à la recherche de l’unité, en un mouvement dirigé depuis Londres.

Le débarquement des alliés en Normandie, en juin 1944, met les Nazis sur la défensive en France. Le deuxième débarquement qui a lieu dans le Sud, en Provence, le 15 août 1944, force les troupes nazis du Sud-Ouest à se retirer vers le Nord, pour éviter d’être encerclées. Les Nazis abandonnent précipitamment les Pyrénées et les groupes armés locaux, en pleine insurrection, en profitent pour les harceler.

Après quelque affrontements, la garnison allemande de Tardets se rend le 23 août. Cet évènement constitue le principal fait remarqué d’armes de la libération du Pays Basque continental, qui s’achève définitivement entre le 22 et 24 août 1944. Le 24 août, dans l’après-midi, les Résistants entrent à Bayonne, en camions, en provenance de Mauléon, Navarrenx, Cambo, etc. Toutefois, malgré la libération d’Iparralde, la guerre se poursuit encore pendant huit mois et les Basques d’Alava, Bizkaia, Gipuzkoa et de Navarre y participent activement, pour expulser les Nazis de leurs derniers réduits, dans une France quasi complètement libérée.

Durant l’occupation allemande en France, de nombreux Basques péninsulaires, qui s’étaient réfugiés sur le territoire français une fois la guerre civile terminée, collaborent avec la Résistance et les maquis. Beaucoup d’entre eux faisaient partie de l’Union Nationale Espagnole (UNE), organisation du Parti Communiste qui, la zone pyrénéenne une fois libérée, rassemble les unités de guérilla autour d’un même objectif : se préparer pour envahir l’Espagne franquiste.